1886 beim Einzug in das alte Kolleg in der Via S. Nicola da Tolentino, den sogenannten Palazzo Costanzi, gab es keine Kollegskirche. Sie wurde in den darauf folgenden Jahren gebaut und 1889 fertiggestellt. Die Kirche wurde damals lediglich benediziert, weil man Petrus Canisius als Patron der Kirche haben wollte. Um dieses Patronat errichten zu können, musste man jedoch bis zu seiner Heiligsprechung 20.11.1925 warten.

Die heutige Kollegskirche wurde vom Frühjahr 1948 bis Oktober 1949 errichtet und am 8. Oktober 1949 durch Ordensgeneral Janssens benediziert. Ihre Konsekration erfolgte am 26. April 1950. Offensichtlich hinterließ das Marianische Jahr 1950 (Dogma von der Aufnahme Marias in den Himmel) bei der Wahl des Patroziniums seine Spuren. Das Fest der Mutterschaft Mariens, damals am 11. Oktober, dem Primiztag der Neupriester, wurde neues Patrozinium der Kollegskirche, um der »echten, kernigen Marienfrömmigkeit, die seit jeher ein hervorragendes Kennzeichen des Kollegs war, einen neuen sichtbaren Ausdruck zu verleihen.« (KB (1950) H. 1) Petrus Canisius wurde als »patronus aeque principalis« zweiter Patron der neuen Kollegskirche.

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